午後2の論文の解説を見ていると
章立てでの見出し記載「1．プロジェクトの特徴」などで1行記載を複数しています。
こういった記載があるほうが見やすいのは明白なのですが採点時には悪い影響はないでしょうか？

公式には発表されてなく推測ですが、空白部分が文字数としてカウントされてなくて、
ギリギリの行数の場合に文字数が不足している判定をされている可能性はあります。
その他は採点時には悪い影響はあまりないように思います。

※評価方法の中に表現力・文章作成能力がありますし、
  実際私はそれで合格しておりますので、
  章立て／見出し記載はしていただく事をお勧めします。

関数従属様

ご意見ありがとうございます。
参考にさせていただき、章立て／見出し記載をして挑もうと思います。